Sur les 650 ha gérés par la SCEA, seuls 400 constituent des terres agricoles utilisées. Les 250 hectares restants sont essentiellement occupés par la forêt (230 ha), mais aussi par des friches, des haies et des chemins (20 ha).
Ces zones jouent un rôle majeur, notamment en agriculture biologique. Elles sont sources d’une biodiversité animale et végétale importante qui permet de tamponner les variations du milieu : plus un milieu est diversifié, plus il est apte à s’adapter en cas de perturbations. Les nombreux autres avantages des forêts et des haies sont détaillés dans les sous-rubriques respectives.
Les nombreux chemins du domaine permettent aux promeneurs de flâner entre les ilôts de cultures et les prairies où pâturent vaches et moutons durant la belle saison. Ils les conduisent également aux milieux des massifs forestiers où les rencontres avec chevreuils, faisans... sont fréquentes. Deux randonnées ont d’ailleurs été balisées par la FFRP (Fédération Française de Randonnée Pédestre) et figurent dans le topo-guide "Le Parc Naturel Régional du Vexin français à pied". Par ailleurs ce maillage de chemins joue un rôle essentiel dans l’activité agricole et forestière : débardage du bois, passage des tracteurs mais aussi des animaux.
Les friches constituent le dernier espace non agricole cité. Elles concernent des zones non cultivées ou non cultivables dans l’état actuel de l’économie agricole. Elles correspondent au mouvement de déprise agricole qui marque l’espace rural français depuis quarante ans. Souvent envahies par les broussailles elles sont à un stade biologique intermédiaire. Leur évolution naturelle les amenant à terme à la forêt. Ces milieux sont très appréciés par les écologues.
La ferme de la Bergerie, loin d’être une exploitation uniforme et homogène, est un ensemble complexe de milieux qui interagissent les uns sur les autres.